В 1899–1908 гг. Борис Бруцкус работал агрономом при центральном комитете Еврейского колонизационного общества (ЕКО). Он изучал хозяйство еврейских земледельческих колоний на юге России, оказывал агрономическую помощь поселениям в Северо-Западном крае, руководил колонизационными работами в России и за границей. В 1909–1918 гг. служил в страховых компаниях: «Российском транспортном страховом обществе», затем в страховом обществе «Россия». Так же Борис Бруцкус преподавал на Каменноостровских высших сельскохозяйственных курсах, выступал с публичными лекциями в Императорском сельскохозяйственном музее.

По взглядам на экономику сельского хозяйства Борис Бруцкус был близок к организационно-производственному направлению А.В. Чаянова. В годы столыпинской реформы взгляды ученого притерпели существенную эволюцию - к признанию прогрессивного значения частной собственности на землю для крестьян. От позиций, тяготевших к народничеству, он пришел к поддершке ценностей либеральной экономики. В 1917 г. работал над проектами реформ во Временном правительстве и в Лиге аграрных реформ.

Несмотря на то, что исследовательские интересы Бориса Бруцкуса в сфере экономики и аграрного развития были достаточно широки, отдельно стоит отметить, что он внес огромный вклад в теорию и практику еврейской колонизации начала ХХ века в России и мире. Он принимал активное участие в работе Еврейского колонизационного общества, Общества ремесленного труда, Общества экономического возрождения Палестины. При этом, Борис Бруцкус взаимодействовал с видными политиками и общественными деятелями, связанными с разработкой проектов еврейской колонизации своего времени (такими, как Л.М. Брамсон, М.М. Винавер, С.М. Дубнов, В.Е. Жаботинский, Г.Б. Слиозберг, И.М. Чериковер и др.). Он опубликовал целый ряд работ, посвященных проблемам положения евреев в России, истории и практике еврейской колонизации (например, «Национальный вопрос в России и евреи» (1906), «В поисках территории» (1909), «Еврейское земледельческое население России и колонизация Палестины» (1917), « Евреи под пятилеткой» (1931), «Еврейское население под коммунистической властью» (1932)).

В 1918-1922 гг. преподавал в Сельскохозяйственной академии имени И.А. Стебута, затем в Петроградский сельскохозяйственном институте, а также - в других вузах, возникших после революции. Как и для многих, годы революции и гражданской войны стали непростым временем для Б.Бруцкуса и его семьи. Но помимо прочего в это время наблюдал за процессом «построения социализма» изнутри, пытался понять его. В результате, в годы «военного коммунизма» он пришел к выводу о принципиальной невозможности построения эффективной экономики на основе теории социализма. В 1922 г., уже в эпоху НЭПа, он опубликовал цикл статей «Социалистическое хозяйство» в журнале «Экономист». В нем он выступил с критикой идеологии и практики социализма как хозяйственной модели. В результате журнал был закрыт властями, Борис Бруцкус арестован ОГПУ, а в ноябре того же года выслан из Советской России как враг советской власти на «философском пароходе».

После высылки из России, Борис Бруцкус жил в Берлине, работал профессором Русского научного института, созданного учеными-эмигрантами. В этот период он продолжал критически анализировал положение народного хозяйства СССР в годы НЭПа и первой пятилетки, публикуясь на русском, немецком, английском, французском и др. языках. При этом, в изгнании Борис Бруцкус продолжал работу не только как ученый, но и выступал правозащитником, стремясь помочь людям оставшимся в советской России. Установление в Германии гитлеровского режима вынудило его переехать в Палестину, где он до конца жизни возглавлял в Еврейском университете в Иерусалиме кафедру аграрной экономики и политики. Скончался Борис Бруцкус 7 декабря 1938 г.

К сожалению, в Европе имя Бориса Бруцкуса оказалось быстро забыто. Этому способствовало как ранняя смерть ученого, так и «неудачный» язык многих работ, поздние их переводы. Но многие идеи исследователя дошли до читателей опосредованно - например, через работы нобелевских лауреатов Л.Мизеса и Ф.Хайека, созвучных по своим идеям размышлениям Бруцкуса и знавшие их. В СССР работы Бруцкуса с конца 1920-х гг. находились под запретом и были заново открыты для российских читателей лишь с конца 1980-х гг.